研究院实行研究院理事会指导下的院长负责制，理事会是研究院的最高决策与指导机构，设一名理事长，四名理事。

研究院采取以院长为核心的分部门负责制度，下设校内校外执行副院长各一名，联席副院长若干。

研究院下设“人才培养中心”“科技研发中心”“教育研究中心”“项目管理中心”四个执行部门，分别负责具体的工作安排与推进。

“人才培养中心”负责人才团队、教师团队的系统性培训与提升。

“科技研发中心”负责研究院的所有科技项目的研发工作。

“教育研究中心”负责将科研成果与融入教学，推进专业群的建设。

“项目管理中心”负责对研究院内所有项目进行全程管理，包含调研、立项、组织、管理、评估、验收等一系列相关工作。